Trakų pilininko ir žemaičių seniūno Stanislovo Jonavičiaus Kęsgailos iniciatyva Batakiuose 1509 metais pradėta statyti šv. Onos bažnyčia – viena seniausių Žemaitijoje. Batakių reikšmę rodo šios vietovės žymėjimas 1526 m. 1614 m. Batakių bažnyčia buvo perstatyta ir padidinta. Žinoma, kad ji buvo medinė. 1644 m. prie bažnyčios buvo pastatyta špitolė. 1648 m. Batakiuose veikė parapijos mokykla. Prieš 1755-uosius metus buvo pastatyta klebonija ir varpinė, o 1768 metais – nauja bažnyčia ir špitolė. 1800–1803 metais pastatyti klebono ūkiniai pastatai, o 1804 m. – klebonija. 1809 m. klebono jurisdikcijoje buvo 5 šeimos (arba 25–30 žmonių), tarp jų kubilius, degtindaris, 2 žydų šeimos. 1823 m. buvo pastatyta nauja dviaukštė varpinė, o šventorius aptvertas egliniais pusrąsčiais tarp ąžuolinių stulpų

1766 metais bažnyčia perstatyta ir visus žavėjo savo įspūdinga barokinio stiliaus puošyba, ilgai buvo seniausias liaudiškojo baroko pavyzdys Lietuvoje. Bažnyčia 1970 metų vasarą sudegė. Beveik visos buvusios meno vertybės bažnyčioje sudegė kartu su ja.Vietoje senosios 1989 m. pastatyta nauja bažnytėlė – priestatas prie senosios varpinės. Iš senųjų statinių šventoriuje liko tik mūrinė šv. Roko koplyčia. Perstatytoje varpinėje tebėra Karaliaučiuje 1676 m. lietas varpas. Tačiau jis yra  sunkiai pasiekiamas ir jį galima apžiūrėti tik iš tolo.